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由于開源許可證的限制，開源軟件的貢獻者（包括開源軟件的原始著作權人和再次開發的開發者）雖然可以申請專利，但其專利權的行使被大大地打了折扣。那么，是否還有申請專利的必要呢？答案是肯定的。那么，在哪些情況下，盡管受到開源許可證的限制，其貢獻者依然有必要申請專利呢？分析如下：
情形一，開源軟件的貢獻者打算利用專利許可的方式增加收入來源。
情形二，當開源軟件的用戶不遵守許可證中的約定時，可以用獲得的專利權主張侵權。
例如，某開源軟件的用戶無視開源許可證的約定，對其貢獻的作品進行閉源，則開源軟件的原始著作權人或該用戶所使用的作品的貢獻者可以利用獲得的專利權對該用戶主張專利侵權。
情形三，開源軟件的貢獻者希望專利權能夠成為其進攻的武器，以此對抗雖沒有使用開源軟件但采用開源軟件算法的第三方開發者的使用。
雖然，開源軟件的貢獻者不能對采用其專利技術的開源軟件用戶主張專利權，但是，可以對包含其技術但沒有使用源代碼或者并非源代碼衍生代碼的軟件主張專利權。因為，許可證只是保護使用源代碼或者源代碼衍生代碼的軟件的用戶，這些用戶在對軟件使用、修改和分發等操作的過程中，默認不侵犯專利權。
例如，一個技術方案，開源軟件采用的是java語言編寫代碼，那么，開源許可證要求公開的僅僅是java語言編寫的代碼，若第三方，比如商業競爭者，在看了java的代碼，理解編程的思想，選擇用有別于java的另一種語言實現同樣的功能，這種采用另一種語言編寫的代碼具有獨立的著作權，對開源軟件的貢獻者的著作權不構成侵權。而當開源軟件的貢獻者具有針對包含其貢獻的開源軟件代碼的所對應專利權時，其可以通過行使專利權限制那些沒有使用源代碼但使用該源代碼對應思想的用戶。
情形四、開源軟件的貢獻者希望專利能夠成為其防守的武器，以此降低可能陷入專利侵權的可能性。
專利制度作為一項基本的知識產權制度已經在全世界主要國家落地生根。專利侵權的風險時刻威脅著開源軟件項目和開源社區的發展。由于開源軟件的開發人員復雜松散，數量可能幾十人到幾百人，開發的人員修改或者編寫的代碼很可能完全覆蓋非受許可證約束的第三方軟件專利造成侵權。面對這種威脅，開源軟件的貢獻者可以與第三方進行賽跑，通過盡早地獲得專利授權來將自己的專利使用權授權給開源社區的他人使用，以此來守候開源軟件追求開放、自由、共享的理念；同時，一部分潛在的專利侵權威脅也可因此化解。
另一方面，我們知道，目前專利局在評價專利申請的新穎性和創造性時，所依據的對比文件大多為情況為公開專利文獻。所以，退一步講，開源軟件貢獻者即使拿不到專利授權，也會使專利申請因為公布而變為全人類的共同智慧財產，進而提升現有技術的高度，增加第三方獲得專利權的難度，同樣也減少了開源社區的遭遇侵權地風險。
情形五，開源軟件的貢獻者計劃發布非開源軟件版本。
該情形與的原理上述情形三類似。但區別在于，開源軟件貢獻者并非僅僅為了對抗第三方的使用而申請專利，其具有更為積極的商業考量，除了開源軟件中的軟件版本外，還打算從商業的盈利的角度將非開源版本的軟件推向市場。為了更好的搶占市場，避免競爭者用其他語言實現該軟件功能，開源軟件貢獻者可以進行專利申請，以突破著作權僅僅依靠代碼形式對軟件進行保護的局限，進而使潛在的競爭對手不得不重新尋找新的算法和解決方式。
可以看出，為了構建一個良好的、穩定的開源社區，或為了開源軟件貢獻者自身的商業利益，應當鼓勵開源軟件的貢獻者積極申請專利。
在此，作為第四種情況的進一步深入，需要著重補充的是，對于不以盈利為目的的開源軟件貢獻者來說，申請專利固然是減少侵權訴訟的手段，但是，整個專利申請過程需要繳納各種費用，并且還要承擔不授權的風險，即便是授權，每年需要繳納專利年費。這些風險和負擔都是難以承受的。因此，建議相關行政管理部門在促進開源技術的專利保護方面，能夠有所作為，擔負起引導、組織、支持、保障乃至管理的責任。